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一、補貼對象由生產者、使用者到使用者為主
上海市自2004年起率先開展有機肥財政補貼，到2009年5年間對使用者、生產者均進行過補貼，主要通過公開招投標方式，累計推廣有機肥料49.5萬噸，應用面積330萬畝。2009-2011年有機肥補貼對象發生變化，全部撥付給肥料生產企業。2012年至今，補貼對象再次調整，以市內種植糧食、蔬菜等農作物的農業生產組織為主。北京市政府自2007年開始進行有機肥補貼，補貼對象一直是種植大戶，以有規模、有組織的園區和生產基地為主，也包括分散的農戶。江蘇省自2006年起試點有機肥補貼示范，將有機肥生產企業作為主要財政補貼對象，2012年至今，省級財政資金直接補貼給農民。浙江省支持對象為推廣使用商品有機肥的農民專業合作社、家庭農場、種植大戶和農業企業等規模經營主體。同時，近年山東、河北、福建、廣州等地均是對購買使用有機肥的種植者給予政策補貼，鼓勵增施有機肥，減少化肥用量。
二、補貼標準由全額主導到差額引導
上海2004年補貼方式為統一采購，由上海市財政和地方財政出資，基本為全額。2009年前有機肥市場價約為400元/噸，市財政出250元/噸，區縣出50~100元每噸，鄉鎮再出一些。2017年開始，對商品有機肥給予每噸200元補貼，加上區縣補助，補貼標準仍為400元/噸。北京市政府自2007年開始，財政每年投入2000萬元補貼資金，每噸有機肥補貼250元。2019年北京市投入資金1億元，每年每畝地有機肥用量限額1噸，市級金額不超過480元/噸。江蘇省自2006年起試點有機肥補貼示范，補貼標準200元/噸，其中省財政出150元/噸，市縣財政補貼50元/噸，農民購買時，只支付零售價扣除財政補貼部分。2009年，江蘇省財政安排4400萬元用于商品有機肥補貼，2016年至今補貼標準為400元/噸。近年來，多地對有機肥補貼標準進行了調整，如山東省財政補貼100~300元/噸，示范縣市補貼300元/噸。廣東省廣州市補貼標準為300元/噸，補貼最高不超過1噸/畝·年。河北省原則上按購買有機肥發票金額的50%進行補貼。浙江省對使用有機肥分一類地區200元/噸、二類地區150元/噸的標準進行測算，各縣自行確定補助標準，但明確省補資金補貼額度不得超過產品單價的三分之一。
三、補貼方式由統采配送到農戶自主采購為主
各地在有機肥補貼方式上，大多經歷了統一采購到自主采購的方式。以前，有些省市采取政府公開招標方式采購有機肥，由市、縣級政府出資購買運輸車，將有機肥直接送到農戶手中；有些地方根據財政補貼額度和標準，農民購買時有機肥時，只支付零售價扣除財政補貼部分，如江蘇農戶在購買有機肥時每噸支付金額不超過370元，補貼資金直接支付給生產企業。目前，各地有機肥補貼程序多由縣（市、區）農業農村部門會同當地財政部門制定，縣農業農村部門通過公開遴選確定供肥企業，建立供肥企業目錄；補貼對象暨種植戶自愿向所在地鄉鎮農技部門申報，肥料用戶與供肥企業間雙向選擇的方式，全額支付有機肥貨款；逐級驗收、審核后報縣農業農村部門和財政部門，補貼資金通過“一卡通”等方式直接撥付給補貼對象。
